1986 yılında Black Flag grubunun konserinde, aynı kızla beraber olduklarını anlayarak tanışan Scott Weiland ve Robert DeLeo, daha sonra bu kızın şehri terketmesiyle, onun evine yerleşir ve Scott’un Edison Lisesi’nden iki arkadaşı, Corey Hicock (gitar) ve David Allen (davul) ile birlikte bir grup kurarlar. Daha sonra Allen’ın yerine davulcu Eric Kretz geçer. Nihayetinde, Robert DeLeo’nun kardeşi, Dean DeLeo, Hicock’un yerine grupta gitar çalmaya karar verir ve dörtlü tamamlanmış olur. Gruba Mighty Joe Young adını verirler. 1990 sıralarında, grup bir demo kaydeder.
Grup Brendan O’Brien ile ilk albümleri üzerinde çalışmaya başlar. Kayıtlar sırasında, avukatlarından gelen telefon onlara Mighty Joe Young adında bir blues sanatçısının olduğunu bildirir. Grubun ismini Shirley Temple’s Pussy olarak değiştirip kısa bir süre bu isimle devam ederler, ancak bu ismi plak şirketinden gelen baskılar sonucu değiştirmek zorunda kalırlar. STP kısaltmasını beğendiklerinden, 1992 yılında Core’un kayıtlarının sonlarına doğru Stone Temple Pilots ismini alırlar
İlk albümleri Core 1992 Eylül ayında yayınlanır ve Sex Type Thing, Plush, Wicked Garden, Creep, Dead & Bloated gibi şarkılar hit olur. Albüm satışının başarısına rağmen, müzik basını grubu grunge taklitçileri olarak yorumlar. The New York Times’dan Jon Pareles 1993’teki konser izlenimleri yazısında, Stone Temple Pilots’ın slow parçalarını 2. Kalite Pearl Jam, orta-tempo parçalarını da Nirvana kopyası olarak değerlendirir. Ocak 1994’te Rolling Stone dergisi anketinde grup okurlar tarafından En İyi Yeni Grup seçilirken, derginin yazarları tarafından En Kötü Yeni Grup olarak anılır. Bir sonraki ay, Amerikan Müzik Ödüllerinde STP, En İyi Yeni Pop/Rock Sanatçısı ve Yeni Heavy Metal/Hard Rock Sanatçısı ünvanını alır. Mart 1994’te , grup En İyi Hard Rock Performansı dalında Plush adlı parça ile Grammy Ödülü alır.
Stone Temple Pilots 1994 baharında ikinci albümleri Purple için stüdyoya girer. Bir ay dan kısa sürede kayıtları biten albüm, Haziran 1994’te yayınlanır ve Amerika listelerine 1 numaradan girer. Interstate Love Song adlı parçaları hemen büyük bir hit olur ve on beş hafta gibi rekor bir zaman süresince Rock listelerinin üst sıralarında yer alır. Bu albümde Vasoline ve Big Empty (The Crow fiminin soundtrack’inde yer almıştır) gibi hitler yer alır. Yayınlanmasından henüz dört ay geçmesine rağmen, Purple albümü üç milyon kopya satmıştır.
Grubun başarısı devam etmesine rağmen, 1995 iyi bir yıl olarak geçmez. İki haftalık yoğun kayıt çalışmaları Şubat ve Mayıs aylarında, Weiland’ın Pasadena, Kaliforniya’da polis tarafından çantasında uyuşturucu bulundurma suçundan tutuklanmasıyla bölünür. Üç yıl hapis cezasıyla karşı karşıya kalan Weiland suçsuz olduğunu iddia eder ve duruşma bir yıl sonraya ertelenir. Weiland’ın tutuklanmasından sonra, grup dağılır. Weiland, Tank Girl filminin soundtrack’ine ve John Lennon Tribute Albümü’ne birer şarkı yapan Magnificent Bastards adında geçici bir grup kurar. Fakat Ekim 1995’te grup tekrar birleşir ve üçüncü albümlerinin kayıtlarına başlar.
Stone Temple Pilots üçüncü albümleri Tiny Music… Songs from the Vatican Gift Shop’u Nisan 1996 da yayınlar. Albüm Amerika listelerine dört numaradan girer fakat albüm hakkındaki yorumlar genelde negatif yönde olur. Weiland’ın uyuşturucu bağımlılığı grubun başarısına tekrar köstek olmaktadır. Tiny Music… albümü için Amerika’da çıktıkları kısa tur tamamlanamaz. 1996 sonbaharında, turun sonlarına doğru, grup Weiland’ın uyuşturucu bağımlılığı yüzünden provalarda ve dolayısıyla sahnede de bulunamayacağını ve bir tıbbi merkezde doktor kontrolü altında olduğunu bildirir.
